ベクトル計算機における固体MD計算の高速化
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概要
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地球シミュレータは, 640の計算ノードを持ち理論ピーク性能は40Tflop/sである.プロセッサノードはピーク性能8Gflop/sのベクトルプロセッサ8個, 16GBの共有メモリから構成される.本研究では地球シミュレータの計算ノードによる固体分子動力学法の計算プログラムのベクトル化と並列化を行い性能評価を行った。分子動力学法では, カットオフ半径内の粒子が互いに影響を与え, その粒子ペアを行列を用いて表現することができる.ベクトル化に際して, この行列表現にcompressed row formとjagged diagonal formを考える.jagged diagonal formはベクトル長がcompressed row formよりも長くできるので, ベクトル化により適している.しかし, 標準的な粒子対の情報からjagged diagonal formに変換するには時間がかかるため, 全体の性能はより簡単なcompressed row fromよりも低下した.compressed row formでは8CPUでの並列化により2.4から2.7倍のスピードアップとなった.
- 一般社団法人情報処理学会の論文
- 2001-10-26
著者
-
蕪木 英雄
日本原子力研究開発機構システム計算科学センター
-
清水 大志
日本原子力研究所計算科学技術推進センター
-
横川 三津夫
日本原子力研究所計算科学技術推進センター
-
蕪木 英雄
原研計算科学
-
蕪木 英雄
原研計科セ
-
清水 大志
原研計算科学
-
横川 三津夫
産総研
-
君塚 肇
日本総研
-
横川 三津夫
理化学研究所次世代スーパーコンピュータ開発実施本部
-
横川 三津夫
日本原子力研究所:(現)産業技術総合研究所グリッド研究センター
-
君塚 肇
日本原子力研究所計算科学技術推進センター
-
板倉 憲一
日本原子力研究所
-
板倉 憲一
海洋科学技術センター地球シミュレータセンター
-
君塚 肇
原研計科セ
-
横川 三津夫
理化学研究所
-
蕪木 英雄
日本原子力研究所
-
横川 三津夫
日本原子力研究所
-
板倉 憲一
独立行政法人海洋研究開発機構
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