分子動力学コードの並列化とUPP500における性能

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概要

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• Molecular dynamics(MD)is known as a method simulating the behavior ofmolecules which are moved according to Newton equations with preferably decided potential energy function.Following is the general expression of Newton equations with a potential energy function.[numerical formula]where r i are the coordinates of atoms. Suffix i denotes the atom.P =P bonded+P non-bonded(neutral)+Pnon-bonded(charged)In the programs of molecular dynamics, simulations are done going through several calculationstages. In the case of famous MD program AMBFR, they are as follows .Stage.1)Fair list generation for non-bonded pairs Stage.2)Force calculation for non-bonded and bonded pairs Stage.3)Scaling of coordinates Stage.4)Time integration and SHAKE processing

• 一般社団法人情報処理学会の論文
• 1993-09-27

著者

• 松本 和宏

  Supercomputer Applications Section Fujitsu Limited

• 折居 茂夫

  富士通株式会社スーパーコンピュータシステム部

• 折居 茂夫

  Supercomputer Applications Section Fujitsu Limited

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