書き換え可能ハードウェアを用いた高速ホモロジー検索システム

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概要

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• 本論文では,市販のField Programmable Gate Array(FPGA)ボード用いた高速ホモロジー検索システムについて述べる.このシステムは,使用するコンピュータのPCIバスに市販のFPGAボードを1枚挿入するだけで,高速ホモロジー検索を実現するものである.本論文では高性能を得るために,プログラム実行中にそのときどきに応じた最適な回路をFPGA上に実現している.このシステムで,約6400万要素のデータベース配列と2,000要素の問合せ配列のホモロジー検索を実行した結果,約75秒で検索を終了させることができた.これはPentium III 1GHzに対し約150倍の処理速度である.

• 社団法人情報処理学会の論文
• 2002-09-15

著者

• 丸山 勉

  筑波大学大学院システム情報工学研究科

• 小長谷 明彦

  北陸先端科学技術大学院大学知識科学研究科・遺伝子知識システム論講座

• 山口 佳樹

  筑波大学機能工学系

• 宮島 洋介

  筑波大学機能工学系

• 丸山 勉

  筑波大学機能工学系

• 丸山 勉

  筑波大学機械工学系

• 小長谷 明彦

  北陸先端科学技術大学院大学:理化学研究所ゲノム科学情報センター

• 小長谷 明彦

  北陸先端科学技術大学知識科学研究所

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